O Museu Paulista foi inaugurado em 7 de setembro de 1895 como museu de História Natural e marco representativo da Independência, da História do Brasil e Paulista. Seu primeiro núcleo de acervo foi à coleção do Coronel Joaquim Sertório, que constituía um museu particular em São Paulo.No período do Centenário da Independência, em 1922, foi reforçado o caráter histórico da instituição. Formaram-se novos acervos, com destaque para a História de São Paulo. Realizou-se a decoração interna do edifício, com pinturas e esculturas apresentando a História do Brasil no Saguão, Escadaria e Salão Nobre. Foi instalado o Museu Republicano “Convenção de Itu”, extensão do Museu Paulista no interior do Estado.Ao longo do tempo, houve uma série de transferências de acervos para diferentes instituições. A última delas foi em 1989, para o Museu de Arqueologia e Etnologia da USP. A partir daí, o Museu Paulista vem ampliando substancialmente seus acervos referentes ao período de 1850 a 1950 em São Paulo. Atualmente, o Museu Paulista possui um acervo de mais de 125.000 unidades, entre objetos, iconografia e documentação textual, do século 17 até meados do século 20, significativo para a compreensão da sociedade brasileira, especialmente no que se refere à história paulista e conta com uma equipe especializada de curadoria. Desenvolve também um Projeto de Ampliação de seus espaços físicos.